吉林市纪委监委组织机构包括：内设职能部门、直属单位和派驻纪检监察组。
内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部、调研法规室、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一监督检查室至第七监督检查室、第八审查调查室至第十四审查调查室、案件审理室、纪检监察干部监督室、信息技术管理室、机关党委。
另外设有中共吉林市纪律检查委员会电化教育中心、吉林市廉政教育中心直属单位。设有吉林市纪委监委派驻纪检监察组。
内设机构及职责简介
办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草吉林市纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实；负责机关事务管理和服务保障工作；负责机关及直属单位财务管理、国有资产管理、房管基建、医疗卫生和安全保卫工作；负责机关及派驻机构涉案财务管理等。
组织部：负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导纪检监察系统干部教育培训工作等。
宣传部：负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；归口管理机关承担宣传教育职责的单位；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。
调研法规室：负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；起草重要文件文稿等；负责提出全市纪检监察制度建设规划、计划；起草、修改有关纪检监察制度；参与起草制定市内相关规范性文件；负责协调委机关规范性文件起草工作，对相关规范性文件进行审核等工作。
党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、问责等方面工作。
信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对中共吉林市纪律检查委员会作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对吉林市监察委员会作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。
第一至第七监督检查室：主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系单位（地区）领导班子及市管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（地区）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委（派驻、派出机构）落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见或移交审查调查室；综合、协调、指导联系单位（地区）及其系统的纪检监察工作等。
第八至第十四审查调查室：主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机关管辖范围内的监察事项，必要时也可以办理所辖各级监察机关管辖范围内的监察事项等。
案件审理室：负责审理吉林市纪委监委直接审查调查和县（局）级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪、职务违法和职务犯罪案件；承办党员对中共吉林市纪律检查委员会作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对市监察委员会作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件。
纪检监察干部监督室：负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
信息技术管理室：承担信息技术保障工作，综合运用先进信息技术和现代化科技手段，提供纪检监察信息技术支持与保障；负责综合信息管理平台建设规划、管理维护和检索工作；负责查办案件装备配备规划、管理维护、升级改造工作；负责电子廉政档案录入、管理和检索工作；指导全市纪检监察系统装备保障和信息化建设工作。
机关党委：负责机关和直属单位党群工作。